泗陽縣自然資源和規劃局設下列內設機構：
一、辦公室（財務科、人事科）
負責機關日常運轉工作。承擔機關文電、會務、機要、檔案、信息、安全保密、新聞宣傳、政務公開、政務督查和信息化管理工作；負責局年度工作計劃、工作總結、機關印章管理、重要活動組織工作；承擔機關后勤保障和資產管理工作。
承擔組織編制自然資源發展戰略、中長期規劃和年度計劃工作；開展重要問題調查研究，組織開展自然資源管理形勢分析，負責起草局重要文件文稿，協調自然資源領域綜合改革有關工作。負責綜合統計和局內專業統計歸口管理。圍繞中心工作和各級領導交辦事項、開展督促檢查工作，對上級重大決策、重要文件、重要工作部署貫徹落實情況的督促檢查等，確保部署重要工作任務的落實，切實提高機關執行力。組織開展全縣自然資源節約集約利用綜合評價考核工作。承擔縣自然資源領域軍民融合深度發展工作。
人事與科技外事，承擔機關、派出機構和直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和教育培訓工作；承擔縣局管理干部及領導班子建設的有關工作；承擔自然資源行業專業技術職稱評審工作；負責全縣自然資源系統干部隊伍、人才隊伍建設等工作；負責機關離退休干部工作。貫徹執行自然資源領域科技發展規劃、計劃。執行有關技術標準、規程規范，組織實施重大科技項目及創新能力建設。承擔科技成果管理和科技人才培養工作。承擔自然資源對外交流合作工作。
承擔自然資源專項收入征管和專項資金、基金的管理工作。擬定有關財務、資產管理規定，負責機關和所屬單位及國有資產監管。負責管理基本建設及重要專項投資、重要裝備。監督管理中央、省級、市級和縣級林業財政投資、林業部門預算、專項轉移支付資金及相關項目實施。承擔財政和社會資金的結構優化和監測工作，擬訂合理利用社會資金的政策措施。承擔局機關及所屬單位內部審計工作。
二、政策法規科（行政審批科、執法監督科）
負責系統推進依法行政綜合工作。承擔自然資源管理方面重大行政決定的合法性審查及規范性文件合法性審查和清理工作。組織開展法律法規宣傳教育。承擔行政復議、行政應訴、行政裁決、輿情應對等有關工作。負責信訪工作。負責自然資源、國土空間規劃、測繪等行政審批事項的受理和審批工作，并限時辦結。負責局信用管理相關工作。
查處全縣自然資源、國土空間規劃、測繪違法案件，指導監督違法案件調查處理工作。組織協調對自然資源、國土空間規劃和測繪的方針政策、決策部署和法律法規執行情況進行監督檢查，組織自然資源執法系統的人員培訓。負責建設工程規劃實施過程監督檢查及竣工的規劃核實。
三、自然資源調查監測科（確權登記科、測繪地理信息科）
貫徹執行自然資源調查監測評價的指標體系和統計標準，落實自然資源調查監測評價制度。組織實施全縣自然資源基礎調查、專項調查、變更調查、動態監測和分析評價。開展水、森林、濕地資源和地理國情等專項調查監測評價工作。承擔自然資源調查監測評價成果的匯交、管理、維護、發布、共享和利用監督。
貫徹執行自然資源和不動產統一確權登記、權籍調查、不動產測繪、爭議調處、成果應用的制度、標準、規范。負責全縣自然資源和不動產確權登記工作。負責全縣自然資源和不動產登記信息管理基礎平臺建設與應用，推動建立不動產信息公開查詢系統。
負責基礎測繪和測繪行業管理。負責資質資格與信用管理。組織實施測繪地理信息項目，管理地理信息數據。負責監督管理民用測繪航空攝影和衛星遙感。負責監督測繪和地理信息行業市場秩序。負責指導監督地理信息公共服務管理和地圖管理。審查向社會公開的地圖，監督互聯網地圖服務。開展國家版圖意識和測繪知識宣傳教育。組織實施地方測量標志的設立和保護。負責全縣規劃設計、城市規劃測繪行業的資質與行業管理。
四、自然資源開發利用科（自然資源所有者權益科）
貫徹執行自然資源資產有償使用，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作。承擔自然資源市場交易規則擬訂和交易平臺監管工作，負責自然資源市場監督管理和動態監測，落實自然資源市場信用體系。組織開展自然資源分等定級價格評估。執行自然資源開發利用標準，開展評價考核，指導節約集約利用。負責自然資源開發利用的批后監管。
負責貫徹執行全民所有自然資源資產管理政策，落實國家全民所有自然資源資產統計制度，承擔自然資源資產價值評估和資產核算工作。編制全縣全民所有自然資源資產負債表，執行相關考核標準。貫徹執行全民所有自然資源資產劃撥、出讓、租賃、作價出資（入股）和土地儲備政策,承擔報市政府和縣政府審批的改制企業的國有土地資產處置的相關工作。
五、國土空間規劃科（詳細規劃科、縣規劃委員會辦公室）
貫徹執行國土空間規劃相關政策，承擔建立空間規劃體系工作并監督實施。負責組織編制和指導全縣國土空間規劃和相關專項規劃，并統籌銜接其它各類專項規劃。組織劃定生態保護紅線、城鎮開發邊界等控制線。承擔報省政府、市政府、縣政府審批的縣、鄉鎮（街道）空間規劃等規劃的審核、報批工作，指導和審核涉及國土空間開發利用的重要專項規劃。建立國土空間規劃實施監測、評估和預警體系。負責指導和推動全縣鎮、鄉村規劃編制、實施工作。負責全縣重點鎮、特色鎮總體規劃的審核工作。指導做好鄉鎮國土空間規劃的編制和組織實施工作。指導農村公共設施規劃工作。負責全縣城鄉規劃的行業管理與技術指導工作。承擔縣規劃委員會日常工作。
負責組織城市規劃區控制性詳細規劃的編制、報批和修改、維護工作。負責組織城市規劃區修建性詳細規劃的編制、報批工作。負責指導城市規劃區以外區域的控制性詳細規劃編制工作。負責組織對全縣控制性詳細規劃的實施進行評估和監管。負責歷史文化名城保護規劃編制和管理。負責歷史文化街區保護規劃編制。負責指導歷史文化名鎮、名村保護規劃、景區規劃編制和管理。負責全縣城市設計管理工作。
六、建設規劃科（交通與市政規劃科）
負責全縣建筑工程項目規劃管理工作。負責城市規劃區內新建、擴建、改建各類建筑工程修建性詳細規劃或建筑方案初審和施工圖規劃審核，負責方案審查后規劃總平面圖與單體方案（包括單體建筑面積）規劃審核工作。負責鄉鎮、村莊內新建、擴建、改建建筑方案初審和施工圖規劃審核，負責農業用地范圍內農用建筑設施方案審核。核定《建設工程規劃許可證》《鄉村建設規劃許可證》，負責開工項目的檢查驗線。負責對戶外獨立廣告、城市雕塑、園林綠化等基礎設施的城市景觀風貌建（構）筑物的規劃管理。
負責交通與市政工程項目的規劃管理。負責組織交通、市政、河道、綜合管廊等專項規劃的空間落位工作。參與全縣公路、鐵路、橋梁、燃氣、人防等工程規劃的研究與審查。負責組織審查縣管范圍內交通和市政工程項目的建設工程規劃方案。負責核定交通與市政工程《建設項目選址意見書》《建設用地規劃許可證》《建設工程規劃許可證》。負責組織、指導地下管線工程信息管理。
七、耕地保護監督科（國土空間生態修復科、地質礦產科）
擬訂并實施耕地保護政策，組織實施耕地保護責任目標考核和永久基本農田特殊保護。負責永久基本農田劃定、占用和補劃的監督管理。組織實施并負責地方開展耕地占補平衡管理工作。負責耕地保護政策與林地、濕地等土地資源保護政策的銜接。
負責統籌國土空間和自然資源生態修復，承擔國土空間生態修復政策研究工作，牽頭組織編制國土空間生態修復規劃并實施有關生態修復重點工程。承擔國土空間綜合整治、土地整理復墾、城鄉建設用地增減鉤土地復墾、礦山地質環境恢復治理，林業、濕地生態保護修復等工作。承擔生態保護補償相關工作。指導地方國土空間和自然資源生態修復工作。
管理地質勘查行業和全縣地質工作，編制地質勘查規劃并監督檢查執行情況。管理縣級地質勘查項目。承擔地質災害的預防和治理工作，監督管理地面沉降等地質問題，會同有關部門對地下水過量開采的監督管理。執行礦業權管理政策，承擔礦業權審核及縣級登記發證的采礦權審批登記和出讓工作。依法調處礦業權權屬糾紛。負責縣內礦業權管理工作。組織編制礦產資源規劃并實施，監督指導礦產資源合理利用和保護。承擔礦產資源儲量備案、登記、統計、信息發布及壓覆礦產資源相關管理工作。實施礦山儲量動態管理，建立礦產資源安全監測預警體系。監督地質資料匯交、保管和利用，監督管理古生物化石。
八、國土空間用途管制科
組織實施國土空間用途管制制度規范和技術標準。編制土地年度利用計劃并組織實施。組織實施耕地、林地、濕地等國土空間用途轉用工作。承擔土地征收征用管理工作。負責建設項目用地預審工作。負責城市規劃區內建設項目的選址，劃定建設用地規劃范圍，提供規劃設計條件。參與大中型建設項目的可行性研究。負責核定《建設項目選址意見書》《建設用地規劃許可證》。承擔報國務院、省政府、市政府、縣政府審批的各類土地用途轉用的審核、報批工作。貫徹執行城鄉規劃管理等用途管制政策。負責城鄉建設用地增減掛鉤等工作的管理和組織實施。
九、林業資源管理科（自然保護地管理科、縣綠化委員會辦公室）
貫徹執行國家和省、市、縣森林資源管理有關政策、法規和制度，編制森林采伐限額。貫徹實施林業科技發展規劃，負責林業科技項目申報工作。承擔林地管理相關工作，組織編制全縣林地保護利用規劃并監督實施。指導各類生態公益林和商品林的培育、低產低效林改造和退化林修復工作。指導全民義務植樹、城鄉綠化、部門綠化等工作，承擔古樹名木保護相關工作。組織開展沙化土地資源動態監測與評價，指導以植樹種草等生物措施防治水土流失和防沙治沙工作。承擔林業應對氣候變化相關工作。指導林業有害生物防治、檢疫。組織開展陸生野生動植物資源調查，負責陸生野生動植物的保護和合理開發利用。承擔森林防火相關工作。承擔縣綠化委員會日常工作。指導農村林地承包經營、流轉管理，指導林權糾紛調處。
組織擬訂實施各類自然保護地規劃和相關標準并監督實施。按規定提出新建、調整自然保護地的審核建議并按程序報批。指導世界自然遺產的申報與保護，會同有關部門做好世界自然與文化雙遺產的申報和保護。負責生物多樣性相關工作。